当下，我国杂交水稻育种“主流”为国家杂交水稻（水稻行业分析报告）工程技术研究中心袁隆平团队研发的第一代和第二代技术。第一代是以细胞质雄性不育性为遗传工具的“三系法杂交稻育种”。该方法育出品种具有稳定的育性。但育种所需的恢复系、保持系材料难以获得，配组受局限。第二代“二系法育种”，配组较前者大为自由，但极易受异常极端高低温气候影响。
2011年，袁隆平领衔启动第三代杂交水稻育种技术的研究与利用，并获得了以遗传工程雄性不育系为遗传工具的杂交水稻育种技术。利用该技术获得的不育系，克服了前两代的缺点，制种和繁殖均简便易行。“利用第三代技术，可实现普通核雄性不育系的大规模繁殖。普通核不育性败育彻底，遗传简单，是水稻等作物杂种优势利用的良好遗传工具。”据悉，通过该技术，团队目前已获得稳定的粳稻和籼稻不育系。
袁隆平称，第三代技术利用了非转基因雄性不育系和非转基因的父本进行杂交制种，生产出的杂交水稻种子也为非转基因品种。去年底，在海南三亚举行的国际海水稻学术论坛上，他曾宣布，将利用第三代杂交稻育种技术进行海水杂交稻研究。